Апсида церкви прикрашена чудовою мозаїкою, що зображує Перетворення Ісуса. Це сама рання й одна із кращих мозаїк православної церкви, що повністю дійшла до наших днів. Її художній стиль близький до італійської школи того періоду, особливо до мозаїк у церкві Святого Віталія й у Софійськім соборі в Константинополі.
Тема мозаїки Перетворення почерпнула з Євангелія від Матфея, 17:2. У центрі її – Ісус, з боків – Мойсей і Илия, у ніг Ісуса – його учні Петро, Иаков і Іоанн.
Ранком сонячне світло проникає в церкву через східні вікна, нагадуючи нам, що “просяяло особі Його як сонце, одяги ж Його зробилися білими як світло” (Матфей, 17:2). По краях апсиди – мозаїчні зображення дванадцяти апостолів, дванадцяти пророків, а також Лонгинуса, настоятеля монастиря в період створення мозаїки, і диякона Іоанна (можливо, Іоанна Лествичника).
Вище апсиди зображені Мойсей, що приймає скрижалі віри й знімає взуття перед Неопалимою купиною, а також два медальйони, в одному йз яких, очевидно, Іоанн Хреститель, а в іншому – богоматір, і два ангели, що роблять підношення ягняті – символу Ісуса Христа.